Akademik, fizičar, filozof, pisac i humanist Ivan Supek rođen je 8. travnja 1915. u Zagrebu, od oca Rudolfa i majke Marije, djevojačkog prezimena Šips. Supekov je otac Rudolf podrijetlom iz Blizneca.
Djed Ivan imao je u Zagrebu postolarsku radionicu. Njihovo prvobitno prezime bilo je Župek, ali je u crkvenim knjigama promijenjeno u Supek. Preci Ivanove majke Marije početkom 19. stoljeća doselili su se iz Njemačke u Đakovo na posjed koji im je darovao biskup Josip Juraj Strossmayer.
A taj veliki znanstvenik i filozof i humanist bio je osporavan, no surađivao je i prijateljevao s najvećim znanstvenicima 20. Stoljeća. Njegova djela komunisti su zabranjivali i cenzurirali. Bio je trn u oku Titu, a ni Tuđman ga nije volio.
Kao mladić, u zagrebačkoj realnoj gimnaziji bio je najbolji matematičar. Potom i u Hrvatskoj.
Proučavao je djela fizičara Heisenberga, Planka i Einsteina. Bio je nerijetko u društvu s političarima iz krugova oko komunista, HSS-ovaca i liberala, pa je u sedmome razredu osnovao podružnicu SKOJ-a. Maturirao je 1934 godine.
Zanimao se za književnost, pisao tekstove za lutkarsko kazalište, u višim razredima čitao pjesme u školskom književnom klubu. Učio je svirati klavir, bavio se lakom atletikom i skijao, a tenis igrao do poznih godina.
Upisao je studij matematike, fizike i filozofije, a usavršavanje nastavio u Beču, Parizu, Zurichu i Leipzigu. Doktorirao je teorijsku fiziku na supravodljivosti 1940. u Zuerichu, pod vodstvom poznatoga fizičara Wernera Heisenberga. Heisenberg je Supeku pomogao da iziđe iz zatvora kada ga je 1941. zatočio Gestapo.
Po intervenciji Hebranga odlazi u kolovozu 1943. U partizane i radi u Prosvjetnom odjelu ZAVNOH-a. Sudjelovao je na Kongresu kulturnih radnika u Topuskom. Milovan Đilas je naredio da da ga kao liberala likvidira. Andrija Hebrang ga je spasio.
U Zagrebu je 1946. postao je profesor i predavao fiziku. Brzo postaje dopisni član tadašnje Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti, Razreda za matematičke, fizičke i kemijske znanosti te 1950. vodi izgradnju Instituta Ruđera Boškovića (IRB)kojem postaje prvi direktor.
Aleksandar Ranković, Svetozar Vukmanović Tempo i Boris Kidrič htjeli su da im Supek pomogne pri nuklearnim istraživanjima u institutu Vinča.
Supek se usprotivio takvim planovima Rankovića o proizvodnji plutonija i izradi atomske bombe.
Kad je 1954. u Ženevi utemeljen CERN izabrali su ga u Znanstveni odbor sa šest članova. Napušta CERN i vraća se književnosti. Već je imao dvije napisane drame te stručne knjige
Svijet atoma (1941), Od antičke filozofije do moderne nauke o atomima (1946.) i Teorijska fizika i struktura materije (1949., 1951). Bio je to samo začetak bogatoga opusa. Međutim, njegove drame bivaju zabranjene i cenurirane.
Usporedo s književnim radom godine 1960. ipak se vraća znanosti i društvenim aktivnostima. Suosnivač je Instituta za filozofiju znanosti i mira. Taj odjel Akademije znanosti i umjetnosti bio je sjedište jugoslavenske konferencije svjetske organizacije protiv nuklearnog naoružanja Pugwash i Svijeta bez bombi, čiji je suosnivač i predsjednik također bio Supek.
U lipnju 1961. postao je redoviti član Odjela za matematičke, fizičke i tehničke nauke JAZU-a, danas Razreda za matematičke, fizičke i kemijske znanosti HAZU-a. Inicirao je 1966. izdavanje tromjesečnika Encyclopedia moderna.
Rektor Sveučilišta u Zagrebu postao je 1969. godine, a 1970. potaknuo je osnivanje Interuniverzitetskog centra u Dubrovniku (IUC). Iste je godine s čak 90 posto glasova ponovno izabran za rektora. Ali, po obračunu vladajućih komunista s hrvatskim proljećem 1971. bio je na popisu nepoželjnih javnih osoba jer nakon konferencije u Karađorđevu nije prihvatio zaključke CK SKJ. Isključen je iz hrvatskog javnog života na razdoblje od 18 godina.
1963. objavio je roman Proces stoljeća koji je inspiriran slučajem Oppenheimer, 1965. roman U prvom licu s temom o totalitarnom društvu koje srlja u bankrot, a 1968. Heretik, roman koji je prošao trnovit put dok 1969. nije uprizoren u kazalištu Branka Gavele, a u režiji Georgija Para.
Roman Opstati usprkos, koji je 1971. objavila Školska knjiga je spaljen, a roman Extraordinarius, 1974. tiskan je u nizu Bibliotheca Encyclopediae Modernae, ali je ubrzo povučen iz prodaje zbog političke nepodobnosti.
Objavljuje priručnike Filozofija znanosti i humanizam (1979), Povijest fizike godinu kasnije, kao i Teorijska fizika. U časopisu JAZU-a Forum objavljena su 1976. samo tri fragmenta Otkrića u izgubljenom vremenu, a 1980. tragedija Pjesnik i vladar.
Supek je objavio više od 40 romana, drama i tragedija, udžbenika, monografija i drugih knjiga. Prevođena je na strane jezike, a zbog njegove nepoćudnosti u Jugoslaviji Krunski svjedok protiv Hebranga i Krivovjernik na ljevici prvo su objavljeni u inozemstvu, a u Hrvatskoj tek 1990., odnosno 1992. Godine. Tuđmana je upoznao 1989. i više se nikada nisu sreli.
Bio je predsjednik HAZU-a od studenog 1991. do 1994. te od 1994. do prosinca 1997. godine. Suprotstavio se srpskoj agresiji, ali je kritizirao i hrvatsku državnu politiku, osobito politiku prema BiH i proces privatizaije. Kao predsjednik HAZU-a 1997. poslao je otvoreno pismo Franji Tuđmanu, nakon čega ga on optužuje za urotu.
Nezadovoljan stanjem u Hrvatskoj Supek je s don Ivanom Grubišićem 2003. utemeljio Alijansu za mir i pravdu. Umro je 5. Ožujka u 92. Godini života 2007. , nakon duge bolesti. Javnost je za to saznala dva dana po sahrani, obavljenoj u tajnosti kako je i želio, uz nazočnost bližnjih.
Još je u partizanima 1943. upoznao i oženio studenticu Zdenku Tagliaferro, kćer radićevca emigranta. Roditelji su troje djece. Iris je povjesničarka umjetnosti i bavi se književnošću, Silva je akademski slikar, a sin Ivica je fizičar.
