Rođen je 10. lipnja 1959. u Đakovu, Hrvatska. Ekonomski fakultet završio je u Mostaru, BiH.
Magistrirao je i doktorirao na Ekonomskom fakultetu u Sarajevu. Kao redovni profesor predavao je na Ekonomskom i Pravnom fakultetu Sveučilišta u Mostaru.
Potom postaje gradonačelnik Mostara, 1989. potpredsjednik vlade BiH zadužen za gospodarstvo a 1990. i vršitelj dužnosti predsjednika republičke vlade. Oženjen je, sa suprugom Ankicom ima dvije kćeri, Mateu Vuletić i Adrianu Prlić koje žive u Parizu.
U 53. godini je postao djed dobivši od starije kćeri unuku Filipu. Tijekom boravka u pritvoru umro mu je otac Mile. Haaški sud ga je pustio na slobodu tri dana. Zajedno s rodbinom i prijateljima pokopali su ga na mostarskom groblju Šojinovac.
Objavio je knjigu „Nesavršeni mir“ u kojoj je sabrao svoje govore i predavanja koja je održavao po svijetu.
Uoči rata u BiH, Prlić je imao ponudu da ostane raditi u Sjedinjenim Državama. „Bio sam mladi i perspektivan doktor znanosti, sa znanjem engleskog, ali mi je u odlučivanju koje je trajalo pet minuta osnovni kriterij bila kvaliteta mog života koja je u Mostaru bila bolja nego što bi igdje mogla biti u Americi“, komentirao je kasnije taj događaj.
15. svibnja 1992. Prlić postaje načelnik financijskog odjela HVO-a, a 14. kolovoza predsjednik HVO-a, a krajem kolovoza 1993. Prlić, s istim ovlastima, postaje prvi i posljednji predsjednik Vlade Hrvatske republike Herceg-Bosne. S obzirom da je ranije bio član Saveza komunista, iz kojeg je izišao devedesetih, Prlić je tek 1994. godine učlanio u Hrvatsku demokratsku zajednicu.
Nakon potpisivanja Washingtonskog sporazuma, kojim je okončan hrvatsko-bošnjački sukob u BiH, Prlić od lipnja 1994. do siječnja 1996. obnaša dužnost zamjenika predsjednika vlade i ministra obrane Federacije BiH. Kako je u međuvremenu, krajem 1995. potpisan i Daytonski sporazum o novom ustroju BiH, Prlić je od siječnja 1996. do veljače 2001. ministar vanjskih poslova BiH.
Nakon objave haaške optužnice protiv šestorice čelnika Herceg-Bosne 2004., u kojoj je na prvom mjestu, Prlić se dragovoljno predao sudu. Teretilo ga se, kao i druge, za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu kojemu je cilj bio protjerivanje bošnjačkog stanovništva, stvaranje etnički čistih prostora te njihovo odvajanje i priključenje Hrvatskoj u granicama Banovine Hrvatske iz 1939. godine. Prlić se na početku suđenja 2006. izjasnio da nije kriv.
Nepravomoćnom presudom od 29. svibnja 2013. osuđen je na 25 godina zatvora.
U svojoj završnoj riječi prije izricanja presude Prilić je istaknuo kako je glavna ideja Herceg-Bosne bila zaštita Hrvata te očuvanje cjelovite BiH. „Koraci koje je poduzimala muslimanska strana doveli su do nesigurnosti Hrvata u BiH. SDA je slijedila politiku koja bi na kraju rezultirala oduzimanjem konstitutivnog statusa Hrvatima u BiH.
Htjeli smo osigurati da uživamo prava kao jedan od konstitutivnih naroda u novoj BiH.
Nikada se nismo zalagali za to da Muslimani ili Srbi ne mogu uživati svoja prava kao konstitutivni narod u BiH, ali smo inzistirali, kao i danas, na tome da kao Hrvati imamo prava očuvati svoj status, baštinu i kulturu.
Nismo tada bili, niti smo danas, Bosanci rimokatolici. Mi smo Hrvati iz BiH. To je bilo potvrđeno svakim međunarodnim mirovnim prijedlogom koji je prepoznao naša prava“, rekao je, među ostalim, Prlić. Nepravomoćnom presudom od 29. svibnja 2013. osuđen je na 25 godina zatvora.
U imovinskoj kartici objavljenoj 1998. Prlić je naveo da ima stanarsko pravo na stan u Mostaru, stan u Hrvatskoj, štednu knjižicu i račun u Bank Austria, Audi A4, poslovni prostor u Mostaru te 60 dionica tvrtke Hepok. Njegova supruga je pak posjedovala jednu trećinu tvrtke Orwel Mostar te stan u Hrvatskoj. „Ja se bavim makroekonomijom i nemam nikakva utjecaja na suprugino uspješno poslovanje“, rekao je u vezi s njihovim imovinskim stanjem.
Na pitanje bi li nešto mijenjao u svom životu, Prlić je svojedobno kazao: „Smatram da sam imao bogat život na kojem mi može svako zavidjeti: u posljednjih deset godina u mom životu je sadržana čitava europska povijest. Po mom mišljenju, kvaliteta života se cijeni po količini emocija koje neko u životu ima i u tom pogledu ja sam apsolutno bogat čovjek. Vjerovatno bih nešto uradio i drugačije, ali u principu smatram da sam uvijek bio na onom mjestu na kojem sam trebao biti“.
