Institucionalna struktura Europske unije sama je po sebi iznimno složena te razumijevanje njezina funkcioniranja ne predstavlja izazov samo za građane nego i za nacionalne administracije. Lisabonskim ugovorom predviđeno je da Europska unija ima sedam glavnih (Europski parlament, Europsko vijeće, Vijeće ministara, Europsku komisiju, Sud Europske unije, Revizijski sud i Europsku središnju banku) i dva pomoćna tijela (Odbor regija i Gospodarsko socijalni odbor). Za uspješno funkcioniranje unutar tog institucionalnog okvira od iznimne je važnosti dobro poznavanje uloge i nadležnosti svakog od glavnih i pomoćnih tijela.
Lisabonski ugovor kod nabrajanja glavnih tijela Europske unije na prvo mjesto stavlja Europski parlament. Iz toga bi se moglo zaključiti da je to najvažnije tijelo među glavnim tijelima Europske unije. Ono to u mnogim aspektima zasigurno još nije. No, Europski parlament je jedino tijelo Europske unije čiji se zastupnici biraju na izravnim i neposrednim izborima. Europski parlament tijelo je Europske unije koje se sastoji od predstavnika naroda država članica. Zbog toga se može reći da Europski parlament na neki način bar djelomično spašava nedostatni demokratski legitimitet institucionalnog sklopa Europske unije. Europski je parlament zakonodavno tijelo Europske unije, s time da zakonodavne ovlasti dijeli s Vijećem ministara. Uz zakonodavnu funkciju, Europski parlament ima proračunske funkcije te funkciju političke kontrole i konzultacija. No, ovlasti Europskog parlamenta u vezi s nadgledanjem i kontrolom izvršne vlasti u velikoj mjeri su ograničene. Nadalje, Europski parlament bira predsjednika Europske komisije, a to se posljednjih godina pokazala kao nadležnost do koje zastupnici Europskog parlamenta ozbiljno drže.
Europsko vijeće nije samo zbog svog sastava nego i zbog uloge najvažnije političko tijelo EU. Lisabonskim ugovorom Europsko vijeće je po prvi put uvršteno među tijela Europske unije. Uloga Europskog vijeća jest da politički usmjerava razvoj EU te da stvara strateški okvir za djelovanje EU. S tim ciljem Europsko vijeće utvrđuje opće političke smjernice i prioritete Europske unije. U pravilu Europsko vijeće odluke donosi konsenzusom, uslijed čega dokumenti koje usvaja imaju posebnu političku relevantnost. Sastav Europskog vijeća čine šefovi država i vlada, zajedno s njegovim predsjednikom i s predsjednikom Komisije. Visoki predstavnik Unije za vanjsku i sigurnosnu politiku sudjeluje u njegovu radu. Lisabonski ugovor uveo je novu funkciju predsjednika Europskog vijeća, kojemu mandat traje dvije i pol godine te je time napuštena dosadašnja praksa rotirajućeg predsjedavanja Europskim vijećem.
Vijeće ministara svakako je jedno od najvažnijih tijela za usvajanje konkretnih pravnih instrumenata, kako onih zakonodavnih tako i onih na području zajedničke vanjske i sigurnosne politike. Vijeće zajedno s Europskim parlamentom usvaja zakonodavne pravne akte te odlučuje o proračunu. Uz to, Vijeće ima funkciju utvrđivanja politike i koordiniranja Europske unije. U praksi je upravo Vijeće središnje tijelo na kojem se raspravlja pravna stečevina te postižu kompromisi između država članica. Vijeće u pravilu donosi konačnu odluku o većini zakonodavstva EU te je zbog toga važno imati na umu da je ono tijelo u kojem su interesi država članica izravno zastupljeni.
Europska komisija je tijelo koje štiti interese Unije te je najveći zagovornik daljnjih unutarnjih integracija EU. Nadležnosti Europske komisije mogu se u načelu grupirati u šest kategorija: predlaganje i razvijanje politika i zakonodavstva, izvršne ovlasti, čuvar pravnog okvira, pregovarač i predstavljanje u vanjskim odnosima, medijator i posrednik te promotor općih interesa. U suradnji sa Sudom Europske unije, Komisija je zadužena za nadgledanje poštovanja osnivačkih ugovora i zakonodavstva Europske unije. Za njezinu ulogu u zakonodavnom procesu iznimno je relevantna okolnost da se, u načelu, zakonski akti Unije mogu donositi samo na temelju prijedloga Komisije. Jedini su izuzeci zakonodavni akti koji se donose radi pravosudne suradnje u kaznenim stvarima i policijske suradnje. Naravno, i zajednička vanjska i sigurnosna politika izuzeta je budući da se u okviru nje ne donose zakonodavni akti. Jednom kada su odluke donesene, Europska komisija ima ulogu nadgledanja provođenja postojećeg zakonodavstva, odnosno jesu li države članice provele potrebne promjene nacionalnih propisa potrebnih za primjenu pojedinog pravnog propisa EU.
Sud Europske unije pravosudno je tijelo, odnosno institucija Europske unije koja osigurava da se pri tumačenju i primjeni osnivačkih ugovora poštuje pravo. Nadležnost Suda Europske unije načelno je moguće grupirati u tri osnovna područja. Prvo – da odlučuje u postupcima protiv država članica za nepoštovanje obveza koje proizlaze iz Osnivačkih ugovora i EU zakonodavstva (infringement proceedings). Druga nadležnost suda sastoji se u sudskoj kontroli europskog zakonodavstva i provedbenih propisa koja su usvojili Vijeće, Europske parlament, Komisija, Europske središnje banke. Konačno, treće područje nadležnosti odnosi se na odlučivanje Europskog suda u prethodnom postupku na upit nacionalnih sudova (preliminary rulings). Prema ovoj proceduri nacionalni sud obraća se Europskom sudu s pitanjem koje se odnosi na neki aspekt europskog prava. Nakon odluke Europskog suda, nacionalnom sudu je ostavljen određen stupanj slobode da procjeni kako će primijeniti odluku Europskog suda u izricanju konačne presude u konkretnom slučaju. Premda se iz toga može činiti da je u tom postupku presudna uloga nacionalnog suda, u praksi je upravo ova procedura bila najznačajnija za razvoj europskog prava. Zajednička vanjska i sigurnosna politika i prema Lisabonskom ugovoru ostala je izvan nadležnosti Suda Europske unije.
Na kraju, dva glavna tijela s kojima su građani manje upoznati su revizijski sud i Europska središnja banka. Revizijski sud nadležan je za reviziju Unije, odnosno provjeru računa svih prihoda i rashoda Unije. Također ispituje računovodstvene evidencije svih prihoda i rashoda svih tijela. Konačno, Europska središnja banka zajedno s nacionalnim središnjim bankama provodi monetarnu politiku Europske unije. Pri tome joj je jedan od glavnih ciljeva održavanje stabilnosti cijena, te podupiranje opće ekonomske politike Unije.
Uz glavna tijela, Lisabonski ugovor predviđa i dva pomoćna tijela koja svojom savjetodavnom funkcijom pomažu Europskom parlamentu, Vijeću i Europskoj komisiji u radu. To su Odbor regija i Gospodarsko socijalni odbor. Odbor regija sastavljen je od predstavnika regionalnih i lokalnih vlasti i osnovna mu je zadaća promicati interese lokalnih i regionalnih vlasti u procesu donošenja odluka. Za razliku od njega, Gospodarsko socijalno vijeće čine predstavnici organizacija poslodavaca, radnika i predstavnika organizacija civilnog društva te predstavljaju forum za dijalog socijalnih partnera na europskoj razini.
Zaključno valja istaknuti da one države, ali i pravne i fizičke osobe, koje će se bolje snalaziti u pravnom i institucionalnom „labirintu“ EU, moći će lakše i bolje promovirati i štiti vlastite interese. EU pruža velike mogućnosti, no isto tako često je put za njihovu realizaciju povezan s prolaskom kroz spomenuti „labirint“.
