Ime Božidara Kalmete proteklih se godina često spominjalo u kontekstu brojnih afera koje su, malo-pomalo, izlazile na vidjelo iz njegova bivšeg ministarstva. Na meti javnosti Kalmeta se posebno našao tijekom istrage i suđenja za aferu Fimi media kada su se lagano počeli razaznavati razmjeri korupcijske hobotnice, kako u HAC-u tako i u državi.
Tijekom tog suđenja Kalmeta je bio svjedok, no on je iskazivao o načinu na koji je funkcioniralo Predsjedništvo HDZ-a. Njega su pak spominjali neki svjedoci (Robert Jukić, Antun Fabek, Milivoj Mikulić, Andrej Sardelić...) koji su iskazivali kako je nazočio njihovim sastancima s Mladenom Barišićem te Barišićevim zahtjevima da tvrtke kojima su bili na čelu moraju poslovati s Fimi medijom. Neki su svjedoci naveli i da je Kalmetin ured za van bio u restoranu Baltazar te da je to bila opće poznata stvar. No, iako se jedan od krakova afere Fimi media odnosi i na poslovanje te tvrtke s HAC-om i HC-om te iako zbog tih optužbi trenutačno traju suđenja tadašnjim šefovima tih tvrtki, Kalmeta je u cijeloj priči prošao neokrznut.
Konkretnije, nije se poput nekih svojih bivših kolega iz Vlade našao na optuženičkoj klupi, a iz istražiteljskih krugova proteklih godina moglo se čuti da sve ono o čemu nekadašnji Kalmetini podređeni govore ne prelazi razinu indicija. Drugim riječima, u to vrijeme protiv Kalmete, barem po nahođenju istražitelja, nije bilo dovoljno jakih dokaza da bi se protiv njega pokrenula istraga.
>> Kalmeta o otvaranju istrage: To su sve stare stvari, dokazat ću svoju nevinost
>> Brkić: Budući da Kalmeta nije zabrinut, nismo ni mi
