Suđenje za ubojstvo Đinđića bilo je prožeto kontroverzama - krivci su dobili maksimalne kazne, no pitanje o naručiteljima atentata i danas je bez odgovora
Maratonski sudski proces koji je uslijedio, nazvan "suđenje stoljeća", bio je prožet kontroverzama, pritiscima i prijetnjama. Dvojica svjedoka bila su ubijena, a predsjedavajući, sudac Marko Kljajević, pod nerazjašnjenim je okolnostima podnio ostavku