Teška je bolest dr. Franji Tuđmanu bila dijagnosticirana 1996. godine. Karcinom je bio na izuzetno kritičnoj lokaciji, na spoju jednjaka i želuca, pa su mu američki liječnici vojne bolnice Walter Reed u Washingtonu, prognozirali još samo šest do devet mjeseci života. Ipak, kemoterapija na koju je konačno ipak pristao produljila je Tuđmanu život za nekoliko godina, kako je vjerovao šef njegova liječničkog konzilija, dr. Andrija Hebrang. No, dvije godine nakon dijagnoze u javnost su počele curiti vijesti da je tumor metastazirao, ali na te su napise Tuđman i njegov tim odgovorili šutnjom. Jedina službena obavijest bila je ona iz svibnja 1998. kada je liječnički konzilij objavio da je Tuđman zdravstveno sposoban obavljati svoje državničke dužnosti. No, 1999. godine predsjednikovo se zdravstveno stanje počelo naglo pogoršavati, a on je odbijao preglede i preporuke liječnika koji su predlagali operaciju. Kada se u listopadu vratio iz Vatikana, gdje je održao i svoj posljednji, veliki govor, bilo je jasno da gubi bitku s teškom bolešću, iako su informacije o njegovu zdravstvenom stanju i dalje bile čuvane poput vojne tajne. U noći na 1. studenog 1999. Tuđman je proživljavao agoniju, no i unatoč jakim bolovima kategorički je odbijao da ga smjeste u bolnicu prije no što obavi svoje protokolarne dužnosti povodom Blagdana svih svetih, kada je tradicionalno posjećivao Oltar domovine. Tog jutra Tuđman je zadnjim atomima snage stigao do Medvedgrada gdje je, vidno slab i iscrpljen, na Oltaru domovine položio vijenac za sve one koji su za Hrvatsku dali živote. Dugog govora nije bilo, no napisao je poruku u knjizi posjetitelja koja je ostala zabilježena kao podsjetnik na njegovo posljednje pojavljivanje u javnosti. Bio je to povijesni trenutak, simboličan oproštaj od domovine i naroda koji više nikada nije vidio svog prvog predsjednika.
Od planirane posjete Mirogoju, gdje je istog tog dana trebao obići obiteljske grobnice, Tuđman je ipak morao odustati te ga je vozač odmah odvezao kući. Iste te večeri predsjednik je bio hitno prebačen u Kliničku bolnicu Dubrava. Medicinski tim je utvrdio da je došlo do perforacije divertikula debelog crijeva, što je bilo povezano s dugotrajnom kemoterapijom. Operacija je bila neizbježna, no nakon nje su se dogodile nove komplikacije - sepsa je bila pogubna za njegov, već teško oslabljeni, imunitet.
Posljednji dani i sudbina Oltara domovine
Nepuna dva tjedna kasnije, 12. studenog, predsjednikov savjetnik, Ivić Pašali,ć posjetio je tadašnjeg kardinala Kuharića te ga je zamolio da Tuđmanu podijeli svete sakramente. Nakon što se s tim složila i predsjednikova supruga Ankice, kardinal je 22. studenog posjetio Tuđmana u bolnici. Predsjednikovo je stanje tada već bilo toliko teško da komunikacija nije bila moguća, pa je kardinal predsjedniku, uz molitve, udijelio bolesničko pomazanje. U svoj je dnevnik Kuharić tada zapisao kako će se moliti za predsjednikovo spasenje, jer se "ipak žrtvovao za slobodu hrvatskoga naroda", te kako se nada da je Tuđmanova duša spašena. U petak, 10. prosinca 1999. godine, u 23 sata i 15 minuta, Franjo Tuđman je preminuo.
Sa smrću prvog hrvatskog predsjednika “umrlo” je i mjesto njegova posljednjeg pojavljivanja u javnosti. Oltar domovine na Medvedgradu upravo je Tuđman osmislio te je inzistirao da, Iako je ta njegova vizija bila oprečna s konzervatorskim standardima, to bude mjesto gdje će državnici odavati počast Republici Hrvatskoj i svim žrtvama koje su umrle da bi se ona rodila. Oltar domovine, rad kipara Kuzme Kovačića, otvoren je na Dan državnosti, 30. svibnja 1994. No, nakon Tuđmanove smrti, a posebice nakon promjene vlasti, 2000. godine, kada je izuzet iz državnog protokola, te je povučena vojna straža koja je čuvala to mjesto, Oltar domovine prepušten je zaboravu i zubu vremena. Dio analitičara, među kojima je bio i pokojni Slaven Letica, složili su se u mišljenju da je takvo marginaliziranje Oltara domovine i Tuđmanove ideje da upravo to bude mjesto sjećanja, dio otvorenog, političkog obračun s ostavštinom prvog hrvatskog predsjednika.
Iako danas još uvijek postoji, simboličko značenje Oltara domovine je minorizirano, pa je tako, od mjesta na kom su počast hrvatskim žrtvama trebali odavati svjetski lideri, postao tek simbol procesa detuđmanizacije, zaborava i propadanja.
Tuđman je vrhunski procjenio situaciju početkom 90-ih, organizirao vojsku, obranio državu i dobio rat. Za vrijeme rata odlično diplomatski vodio zemlju i bez njega ne bi bilo samostalne Hrvatske. To su njegove vrline, mane su mu ekonomsko vođenje države i prevelik autoritarizam koji su nam uvelike unazadili oporavak nakon osamostaljenja. Bez obzira na mane, velika je ličnost koji će ostati zapamćen kao jedna od najvećih osoba u našoj povijesti jer je iznjedrio državu u nemogućim uvjetima!