Manolića se smatra kontroverznom ličnošću s obzirom na to da mu se predbacuje njegovo djelovanje u Udbi, među kojima se ponajviše ističu optužbe u kojem se njega krivi za smrt nadbiskupa Alojzija Stepinca.
S druge strane, on je bio među ključnim akterima u razdoblju kad se stvarala hrvatska država, a u kasnijim godinama života postao je dio meme kulture mlađih generacija.
Šef Ureda za zaštitu ustavnog poretka postao je od 1991. godine, a u razdoblju od 1993. godine pa sve do 1994. bio je predsjednik Županijskog doma Sabora RH.
Iz HDZ-a izlazi 1994. godine zajedno sa Stjepanom Mesićem te oni osnivaju novu stranku pod imenom Hrvatski nezavisni demokrati (HND). Stranka na nadolazećim izborima nije postigla uspjeh.
Legendarni hrvatski političar je mlađim generacijama postao poznat zahvaljujući društvenim mrežama, gdje su česte pošalice u memeovima na njegove godine pravi hit.
