Nakon razvoda s Danijelom Martinović sreću je pronašao sa suprugom Sandrom, Kanađankom hrvatskih korijena, a upoznali su se upravo na njegovu koncertu u Kanadi.
Nekoliko godina kasnije, na Valentinovo 2006. godine, nakon što je Thompson uspio dobiti crkveno poništenje svog prvog braka, vjenčali su se u Crkvi sv. Ilije u Kljacima, mjestu u blizini Čavoglava. Sandra i Marko imaju petero djece: kćeri Divu Mariju, Katarinu i Cvitu, te sinove Šimuna i Antu Mihaela.
