Marko Jukić, drugi je optuženik iz afere Softver koji je odlučio priznati krivnju i nagoditi se s Uredom europskog javnog tužitelja. Na temelju tog sporazuma, na zagrebačkom Županijskom sudu osuđen je na 11 mjeseci zatvora koji su mu zamijenjeni radom za opće dobro. Kako ga se teretilo i da je pribavio nepripadnu imovinsku korist od 272.000 eura koje su bile isplaćene njegovoj tvrtki, prije formalne nagodbe taj je iznos uplatio u proračun. No iz EPPO-a napominju, baš kao i u slučaju Gabrijele Žalac koja se s EPPO-om nagodila u svibnju (osuđena na dvije godine zatvora, u proračun uplatila 200.000 eura), da uplata tih 272.000 eura u državni proračun ne isključuje pravo vjerovnika da u posebnom postupku od Jukića potražuje naknadu ostale štete.
Što se pak tiče preostalih dvojice optuženika Mladena Šimunca i Tomislava Petrica, bivšeg ravnatelja Središnje agencije za financiranje i ugovaranje programa i projekta Europske unije (SAFU), postupak se u odnosu na njih nastavlja. Nova sjednica optužnog vijeća zakazana je za početak listopada, a tada bi se trebalo znati hoće li optužnica biti potvrđena ili će se možda i netko od njih dvojice odlučiti za priznanje krivnje i nagodbu s EPPO-om. Priznanje krivnje znači da optuženik prije sklapanja nagodbe priznaje sve za što ga se optužnicom tereti i na način na koji ga tužiteljstvo tereti.
EPPO Gabrijelu Žalac, Šimunca, Petrica, Jukića te tvrtke Ampelos i Micro projekt tereti za zloporabe položaja i ovlasti te trgovanje utjecajem prilikom nabave programa PLUR i SPUR tijekom 2017. i 2018. Tim je aktivnostima, tvrdi EPPO, proračun EU oštećen za najmanje milijun eura, a proračun RH za najmanje 300.000 eura. EPPO je Gabrijelu Žalac teretio da je kao ministrica regionalnog razvoja pokrenula postupak javne nabave za informacijski sustav za strateško planiranje i upravljanje razvojem, a EPPO ju je teretio da je poduzela više radnji kako bi tvrtkama svoga prijatelja Mladena Šimunca osigurala povlašteni položaj. Nadalje, kao ministrica je bila i predsjednica Upravnog vijeća SAFU-a pa je svoj autoritet iskoristila da ravnatelju Petricu naloži da SAFU pri kontroli javne nabave ne dovede u pitanje ni dokumentaciju ni način na koji su izabrane Šimunčeve tvrtke, iako je bilo jasno da se takvim postupanjem krši zakon.