Sud u Haagu nije adekvatno vrednovao činjenicu da je Hrvatska bila žrtva srpske agresije. To se vidi iz konkretne optužnice koja je podignuta za tzv. udruženi zločinački pothvat, na čelo kojega se stavilo pokojnoga hrvatskog predsjednika dr. Franju Tuđmana, zajedno s još nekim također pokojnim visokim državnim predstavnicima, a u koju su uključeni – i to po zapovjednoj odgovornosti – hrvatski generali, ocijenila je u ime Katoličke crkve Komisija Iustitia et Pax Hrvatske biskupske konferencije u najavljivanoj izjavi o Haaškom sudu, koja je u utorak predstavljena na zagrebačkom Kaptolu.

Također, Crkva vidi i neke pogreške u samoj Hrvatskoj u suradnji s Haaškim sudom, prije svega u ponašanju Račanove vlade i bivšeg predsjednika države Stjepana Mesića, odnosno vremenu u kojemu su te odluke donesene jer ih nisu prozvali imenom i prezimenom, premda je očito da se to na njih odnosi.

"Treba se upitati koliko je bilo razboritosti u odluci da se prije nego što je nadležno sudsko vijeće donijelo svoju odluku, u travnju 2000. donese Deklaracija o suradnji s Međunarodnim kaznenim sudom u Haagu, čime se tužiteljstvu dala nadležnost nad oslobodilačkim operacijama Bljesak i Oluja. Ne samo da tada nije pokazana politička razboritost, nego je državna vlast iskazala nepoštivanje prema nadležnom sudskom vijeću", piše u svome najnovijem dokumentu Iustitia et Pax i dodaje da se "ne smije zaboraviti ni selektivno i protuzakonito dostavljanje dokumentacije tužiteljstvu, a posebno se to odnosi na „predsjedničke“ transkripte". "Podsjećamo da su upravo ti transkripti, onako neprecizni i nedorečeni, tužiteljeva pravna platforma za podizanje optužnice za tzv. zločinački pothvat u više predmeta pred Haaškim sudom. Istodobno, optuženicima je do početka postupka dokumentacija bilo slabo ili nikako dostupna", tvrdi Iustitia et Pax.

U analizi rada Haaškoga suda crkveni vrh ističe da za državnu politiku agresije i okupacije Hrvatske te Bosne i Hercegovine nije podignuta nikakva optužnica, dok za odluku da se oslobodi okupirani hrvatski teritorij jest. Naglašava se pravo i obveza Hrvatske da oslobodi svoj okupirani teritorij, ali i da "pomogne ugroženom bošnjačkom i hrvatskom narodu da nakon Srebrenice ne doživi još jedan genocid u Bihaću, koji bi po procjenama međunarodne zajednice bio višestruko strašniji".

Crkva, također, kaže kako "nitko pravedan ne može poreći da su i s hrvatske strane počinjeni pojedinačni zločini, no procesuirati i osuditi trebalo bi prave počinitelje, a ne birati osumnjičenike po političkom ključu".

"Jer samo ako se osude pravi počinitelji, pravda može biti zadovoljena, a ukoliko se osude nevini, to onda nije pravda, nego nepravedna optužba napadnute države, a time i njezinog naroda. A ovakva nepravda ne pridonosi uspostavi povjerenja i mira, nego može biti uzrok novim podjelama i ozbiljnim nesporazumima. Ne kaže se uzalud da je bolje sto krivih osloboditi nego jednog nevinog osuditi", stoji u izjavi Iustitiae et Pax.

No, Crkva tvrdi da bi zbog svega bilo nepravedno prozivati cijeli Tribunal.

"Bez namjere umanjenja činjenice da je sud potvrdio i učinio pravosnažnom optužnicu za „zločinački pothvat“, želimo podsjetiti da optuživanje ili neoptuživanje, otvaranje ili neotvaranje istraga za “prekomjerno“, “neselektivno“ granatiranje Knina, ili Vukovara - nije u nadležnosti suda, nego haaškoga tužiteljstva. A to tužiteljstvo radilo je prema čudnim kriterijima i metodama. Mnoga svjedočenja iz samog suda, ali i iz tužiteljstva, iznijela su na svjetlo dana činjenicu da se o optuživanju odlučivalo pod političkim pritiscima velikih sila, s jasnom težnjom ujednačavanja odgovornosti napadača i napadnutih, a to znači i iskrivljavanja povijesne slike o stvarnim agresorima i stvarnim žrtvama. Sporno je, dakle, i to što tužitelju Vijeće sigurnosti daje neviđenu političku snagu. I Vijeće sigurnosti i Europska unija svoje bitne političke odluke o Hrvatskoj temelje na izvješćima glavnoga haškog tužitelja, a ne predsjednika suda ili na odlukama sudskoga vijeća. U tome smislu sud za bivšu Jugoslaviju je svjetski presedan. Jer na svakom drugom sudištu tužitelj je jednakopravan obrani i samo je jedna od strana u kaznenom postupku", stoji u izjavi Komisije Iustitia et Pax, koja nakon što je vjernike pozvala na molitvu i post za pravednu presudu, poziva građane da po objavljivanju presude zadrže mir i dostojanstvo.

Nadbiskup zagrebački, kardinal Josip Bozanić predstavio je na Kaptolu, sat vremena prije Iustitiae et Pax, hrvatsko izdanje "Isusa iz Nazareta" pape Benedikta XVI.